国家热带病研究中心海南分中心设主任1名和3名副主任，负责海南分中心的规划与计划的制定、日常事务的管理及研究平台的提升等。中心主任由中国疾病预防控制中心委派，副主任由中国疾病预防控制中心和海南省卫生健康委共同商议进行委派或招聘。

内部机构下设1个综合办公室和5个业务部门。

（一）综合办公室

协助分中心领导组织协调日常事务工作；负责会议组织、文秘、财务、人事、统计、安全保卫、档案管理、后勤服务、行政接待等工作；负责分中心防治、科研、临床、教育和国际合作计划编制与安排、行政管理与协调等工作；负责国内合作单位沟通、国际机构外联、对外宣传等工作。共设1名主任和2个行政专职岗位。

（二）热带病监测防控部

负责区域热带病监测预警防控技术平台的构建，开展热带病专家智库建设；开展热带病传播风险评估、热带病传播预警、多点监测预报等新技术研究，推广应用热带病病原学高通量筛查、热带病新型病原体鉴定、现场疫情调查与暴发监测等新技术新方法；开展热带病防控政策研究、国际相关的标准指南研究，定期撰写政策与舆情分析报告。共设1名部长和5名专业技术岗位；另在海南专业机构兼聘10名专业技术人员。

（三）热带医学研究部

负责热带医学科学研究平台的建设，开展生物组学、现代生物学、疫苗等技术的研发；开展热带区域病媒生物学、毒理学、生态学等方面的研究；开展热带病相关宿主的免疫学、比较医学、药物治疗等方面的研究。设1名部长、5名热带医学研究学科带头人（PI）和 10名专业技术人员。另在海南专业机构兼聘10名研究人员。

（四）热带病临床部

负责热带病临床诊治研究平台建设，开展热带病临床医学、诊断新技术、治疗新方法等研究；开展新发、再发热带病的应急救治、临床诊断与治疗新技术研究；开展热带区域防控热带病相关药物研发与临床评估等研究。设1名部长、5名热带病临床诊治学科带头人和10名专业技术岗位。另在海南专业机构兼聘10名研究人员。

（五）热带病教育培训部

负责开展热带医学培训教育平台的构建，开展热带医学专业的本科生教育、硕士和博士研究生教育；开展热带病防治继续教育工作，承担公卫医师规范化培训和就业后专业培训，提升基层疾控中心热带病防控水平。设1名部长和2名专业技术岗位。

（六）热带病国际合作部

负责热带病国际交流平台的构建，开展我国南方各省与东南亚、印度洋沿岸、非洲等国家和地区间的国际交流；承担海上丝绸之路沿线国家热带病防控合作机制，助力海南自由贸易港建设。设1名部长和1名专业技术人员。